Principalmente, la activación de enzimas depende del medio ambiente, porque no es útil para el organismo sintetizar enzimas activas, que comienzan a digerir moléculas propias. Así, los cambios ambientales ocurren durante el proceso de activación, por ejemplo, un pH bajo en el estómago activa la pepsina que degrada las proteínas. lo mismo ocurre en el nivel celular cuando varios intrusos como virus o bacterias se degradan en vesículas.
Algunas de las enzimas pueden ser activadas por iones específicos, por ejemplo, el tripsinógeno se activa con iones de Ca (II) a tripsina. Después de la activación, algunas de las enzimas activadas proceden a la autocatálisis que es una reacción en cadena de proteínas activadoras a enzimas activas. Ejemplo de esto podría ser la activación de la apoptosis celular por cascada de caspasa.
En resumen, cualquier variable que describa el entorno de la enzima podría tener una enzima activa: pH, fuerza iónica, otras proteínas, etc.
También creo que la autocatálisis puede ser promovida por la concentración local de la enzima inactiva, ya que todo en el organismo debe ser moderado, de lo contrario podría causar problemas.