¿Cuáles son las diferencias entre las máquinas moleculares y las enzimas?

Debería hablar ahora sobre el cuchillo de Fedro. La aplicación de este cuchillo, la división del mundo en partes y la construcción de esta estructura, es algo que todos hacen “.

– Robert Pirsig en Zen y el arte del mantenimiento de motocicletas

Dividimos las cosas en clasificaciones como parte de la exploración y comprensión científica. Siempre clasificando, separando, fusionando en grupos comunes, explorando, confirmando. Pero las clasificaciones son humanas. Las clasificaciones son el resultado del cuchillo de Fedro. Las clasificaciones no son verdaderamente permanentes o representativas del objeto inicial, pero se ajustan a los patrones que usamos para desarrollar un modelo de comprensión, que luego se usa para predecir, evaluar y desarrollar una mayor comprensión. El uso de modelos va mano a mano con la exploración científica.

Los ribosomas se modelan para ser reliquias antiguas de un sistema biológico muy ancestral, sin ADN, llamado mundo de ARN. Los ribosomas son complejos de proteína-ARN (las subunidades de los ribosomas están compuestas de moléculas de ARNr y proteínas) que proporcionan la traducción del material de ARN a las cadenas de aminoácidos, los componentes básicos de las proteínas. Los ribosomas realizan una acción que no se considera enzimática. Los ribosomas son únicos en sí mismos por ser una reliquia que ha sobrevivido a la transcripción de ADN actual de un núcleo eucariótico. Nada más como ellos. Muy atípico Toman muchos códigos diferentes de tres letras en el ARN y los traducen en cadenas de aminoácidos que luego se usan para construir proteínas.

Las enzimas son una clasificación de la función . Las enzimas son catalizadores biológicos moleculares. Si una estructura molecular se acelera y permite una reacción química, se considera una enzima. El proceso de traducción ribosomal se considera demasiado complicado para ser considerado enzimático ya que tiene muchas partes móviles. (La mayoría de las enzimas son proteínas, aunque algunas son moléculas de ARN catalíticas).

Las máquinas moleculares son una clasificación de uso . Las máquinas moleculares queman ATP para realizar un trabajo útil en la célula.

La ADN polimerasa se considera una enzima y una máquina molecular, en función de su función (catalizador) y uso (realiza trabajos utilizando ATP).

La ATP sintasa puede considerarse una enzima, aunque su trabajo como catalizador no es químico, sino físico. La ATP sintasa es la máquina molecular más hermosa (en mi opinión) ya que en realidad realiza un trabajo usando un gradiente de electrones para producir el ATP utilizado por todas las demás máquinas moleculares. No puedes tener vida / vitalidad sin ATP sintasa.

Los ribosomas realizan la función de traducción. Este proceso se considera demasiado complicado para ajustarse a la clasificación de enzimas de los cuchillos Phaedrus. Los ribosomas son definitivamente máquinas moleculares ya que queman el ATP para producir cadenas de aminoácidos.

Depende de cómo defines una máquina molecular. Actualmente no hay una definición convencional. Por ejemplo, puede ir como “un conjunto de partes que transmiten fuerzas, movimiento o energía de una a otra de una manera predeterminada” o “una nanoestructura complicada que ha asignado grados de libertad, puede convenir un tipo de energía en otra y producir trabajo útil de forma cíclica “. Sin embargo, incluso al pasar de estas dos definiciones, es posible decir que casi todas las enzimas (con algunas raras excepciones) son máquinas moleculares.

La razón por la cual los ribosomas y la ATP sintasa se conocen como máquinas moleculares, mientras que la mayoría de las enzimas no son mentiras de la psicología. La ribosoma y la ATP sintasa se parecen mucho a las macromachinas conocidas, por lo que considera lógico aplicar el término máquina molecular.

No conozco una línea de separación dura y rápida, pero un ribosoma realiza una serie de reacciones químicas en una secuencia, mientras que las enzimas suelen hacer una sola. Cualquier construcción de varias enzimas podría llamarse una máquina molecular. Otra posible definición es que el complejo de proteínas realiza algún tipo de trabajo mecánico, como la rotación de un flagelo o la interacción de la actina y la miosina en los músculos.