La facilidad de hidrólisis está determinada por la energía de activación.
La hidrólisis ácida o alcalina catalizará (disminuirá la energía de activación de) la hidrólisis al protonar (aumentar la electrofilia) el enlace peptídico o simplemente atacar el enlace peptídico con un nucleófilo fuerte (dependiendo de la base).
El único propósito de la enzima en la vida es unir el enlace peptídico y una molécula de agua y permitir que la molécula de agua hidrolice el enlace peptídico. Dependiendo de las vías catalíticas de la enzima, tiene aminoácidos que aumentarán la capacidad del agua para atacar el enlace peptídico (nucleofilia) o aumentarán la capacidad del enlace peptídico para ser atacado por el agua (electrofilia) o ambos.
