¿La reacción de maillard con un aminoácido libre solo tiene lugar a pH> 9 ya que el grupo amino de la mayoría de los aminoácidos generalmente está protonado a pH más bajo?

No, la reacción de Maillard ocurre incluso a pH neutro o bajo. Va más rápido a pH alto, pero la reacción puede continuar (aunque más lentamente) si el grupo amino está protonado.