Los cebadores de ARN pueden eliminarse mediante la ADN polimerasa con actividad de corrección e ARNseH. Ambos trabajan en diferentes condiciones. Para que la ADN polimerasa actúe, debería extender una plantilla existente y los cebadores de ARN deberían estar en su camino. Esto ocurre durante la síntesis de la cadena de retraso de la replicación del ADN. Su digestión solo puede ocurrir en una dirección de 5 ‘a 3’. RNAseH funciona cuando el cebador de ARN se une a la cadena de ADN complementario y tiene mellas entre el iniciador de ARN-ADN.
Alternativamente, los cebadores se pueden desnaturalizar usando un lavado alcalino para eliminarlos del híbrido ADN-ARN y digeridos por estas ribonucleasas.
