Son regiones que son transcripcionalmente activas , lo que significa que el gen en esa región está encendido. Los investigadores buscan estas regiones agotadas de nucleosoma para encontrar los puntos calientes de los genes que se expresan. ¡¿Donde es la fiesta?!
Para comenzar el proceso clásico de crear un gen: proteína de ADN> ARN, necesitas acceder al ADN. La maquinaria de transcripción (que produce ARN a partir del ADN) solo se puede unir si la región está libre de nucleosomas (los nucleosomas actúan como carretes y el ADN es la cuerda que los envuelve).
Sin embargo, los nucleosomas pueden moverse. Hay formas de “aflojar” el ADN para mover los nucleosomas y hacerlo más accesible para que no interfiera con la transcripción. El ADN en realidad puede ser un sacacorchos alrededor del nucleosoma, deslizándolo para liberar un gen de expresión. El nucleosoma también se puede extraer directamente.
¿Cómo sabemos qué regiones son libres de nucleosomas? Se extrae el ADN de la célula y se trata con una enzima como la nucleasa micrococal, que mastica cualquier ADN que no esté envuelto en un nucleosoma. Luego secuencia el ADN que sobra, sin digerir. Las regiones de ADN que no aparecen en los resultados de secuenciación se denominarán “agotamiento de nucleosoma”.
¿Por qué querrías saber dónde están los nucleosomas? Una célula hepática tiene diferentes posiciones de nucleosomas que una célula cerebral, de forma que las posiciones de los nucleosomas determinan qué tipo de célula obtiene. Otras aplicaciones pueden ser comparar una célula normal con una célula cancerosa del mismo tipo: tendrá nucleosomas reposicionados por cáncer .
