En el primer ciclo, debe desnaturalizar y extender una cadena mucho más larga de ADN (el genoma original, en la dirección hacia adelante y hacia atrás) y eso lleva mucho tiempo. El objetivo de los ciclos restantes es desnaturalizar y extender repetidamente el fragmento objetivo, que es mucho más corto.
¿Por qué las etapas de desnaturalización y extensión de PCR son más largas en su primer ciclo?
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El paso de desnaturalización es más largo porque con lo que generalmente se trata es de ADN genómico purificado de miles de pares de bases de largo. Toma un tiempo desentrañar todas esas hélices dobles en cadenas simples.
No estoy del todo seguro acerca de la etapa de extensión más larga: han pasado un par de décadas desde que lo hice yo mismo, pero no recuerdo haber utilizado una fase de extensión más larga en el primer ciclo. El último ciclo sí, lo extiendes para garantizar que la mayor parte del ADN monocatenario que le sobra se convierta en bicatenario, pero no el primero.
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