Cómo calcular una variabilidad de aminoácidos a partir de una alineación de secuencias múltiples

Puede medir el número de aminoácidos en una posición particular que difieren entre las dos secuencias y dividirlo por el número total de aminoácidos y luego multiplicarlo por 100, y obtendrá el porcentaje de variabilidad.
Cómo encontrar los parálogos de una secuencia de proteínas usando BLAST

Blast podría no responder tu pregunta. ¿Qué tal si probamos un enfoque de agrupamiento a través de BlastClust o Uclust para agrupar secuencias similares? El enfoque de sonido para encontrar parálogos sin embargo es a través de la…
¿Se puede usar rna-seq para probar la teoría de la deriva genética del envejecimiento?

Depende si existe una regulación transcripcional específica durante el proceso de envejecimiento evolutivo. Si puede comparar el perfil transcripcional de cerebros de humanos u otras especies en diferentes puntos de tiempo de envejecimiento 10, puede obtener claramente un…
¿Qué libro es mejor para estudiar el plegamiento de proteínas para un principiante, desde un punto de vista biológico?

Como usted es un principiante, le recomendaría que empiece a leer los artículos de revisión que se encuentran en Pubmed Home – PubMed – NCBI sobre el tema. Además de los muchos presentes, aquí hay algunos libros que…
¿Cómo son importantes la biología computacional, la bioinformática, la informática biomédica y la informática biomédica para la medicina, la salud y la biología?

Un enfoque accesible podría ser DNA Sudoku, que es solo un ejemplo, pero debería darle una idea de las posibilidades. Y en parte lo elegí porque el artículo original del Dr. Erlich es extremadamente accesible, si quieres profundizar…
Cómo identificar residuos hipervariables en un conjunto de secuencias de proteínas

Trazo evolutivo (ET) (Lichtarge 1996, un método de trazado evolutivo que define las superficies de unión comunes a las familias de proteínas, Mihalek 2004). Hace esencialmente lo que dijo el respondedor anterior (escaneo mutacional basado en laboratorio =…
¿Cuáles son las características que se pueden extraer de las redes de proteínas?

Una de las características más destacadas que conozco es la reconstrucción de los complejos más probables y la relación relativa compleja en un organismo solo a partir de la interacción proteína-proteína y la abundancia obtenida por métodos como…
¿Qué carreras hay disponibles para alguien con una maestría en neurociencia computacional y experiencia en laboratorio en el modelado mecanístico del sistema nervioso?

Teniendo en cuenta los antecedentes y las habilidades computacionales, tendrá muchas vacantes. Si tiene sede en los EE. UU. Y desea permanecer allí, busque oportunidades en empresas de Bioinformática allí. El campo de NGS (exome, RNA-seq, ChIP-Seq, Methyl-Seq)…
Cómo calcular las muestras necesarias para encontrar un biomarcador de enfermedad significativo

Este es un cálculo de tamaño de muestra estándar y puede ver cualquiera de los miles de libros, sitios web, applets de Java, etc. que lo harán por usted. Todos te dirán que debes proporcionar tres datos más.…
¿Cuál es la mejor introducción a la predicción de la estructura de proteínas para un científico informático?

Debes decidir cuántas características determinan tu predicción. Por ejemplo, en el primer paso, la reacción intra e intermolecular afectará la estructura de la proteína. Un científico de la computación tiene que convertir esos factores en parámetros para la…