¿Cuáles son las diferencias entre las diversas bases de datos de interacción de proteínas?

La respuesta corta es que cada una de estas bases de datos de PPI (interacción proteína-proteína) tiene diferentes métodos y fuentes para los PPI. Los métodos utilizados pueden variar de experimentales a computacionales a algún tipo de combinación…
Cómo encontrar el alineamiento de la secuencia en porcentaje de dos proteínas digeridas por tripsina

Si las dos proteínas tienen una secuencia de genes disponible en UniProt, entonces puede usar ClustalOmega para simplemente ingresar las secuencias en formato FASTA y recibirá su resultado por correo. Hay una gran cantidad de otro software disponible…
¿Cómo puede la bioinformática ayudar a curar el cáncer?

Aquí está la tubería simple. Con base en NGS (secuenciación de próxima generación), podemos secuenciar el ADN del tejido canceroso del paciente o el ADN tumoral circulante en la sangre. Luego use métodos bioinformáticos para encontrar mutaciones que…
¿Qué tan bien pueden predecir los científicos los compuestos hechos a partir de genes de Polyketide synthases?

Basado en lo que aprendí en un curso reciente sobre antibióticos, ¡bastante bien! Hay dominios especializados responsables de catalizar cada paso de la síntesis (Wikipedia tiene un buen artículo que cubre lo que hacen los diferentes dominios). Estos…
¿Cómo funcionan los sistemas de coordenadas en las bases de datos de estructuras de proteínas?

Lo admito, me tomó algo de tiempo entender y descubrir las diversas características y detalles disponibles en un archivo PDB. Algunos de ellos son fáciles de entender y los repasaré rápidamente; Trataré de explicar visualmente los conceptos más…
¿Qué tan factible es computacionalmente predecir las afinidades de unión de las drogas / moléculas pequeñas al conjunto completo de proteínas mutadas?

No estoy seguro de entender tu pregunta. ¿Ya tiene la afinidad de un medicamento con la proteína de tipo salvaje y ahora está tratando de predecir si la afinidad cambiará con un mutante de la misma proteína? Si…
¿Cuáles son algunos métodos y herramientas útiles para encontrar biomarcadores para proyectos?

Hasta ahora, he recibido una respuesta de mis colegas. “Perdonen mi ignorancia, pero ¿no pueden usar las bases de datos genómicas en PubMed y la base de datos de subvenciones en el CDC? Hay un patólogo que está…
¿Dónde encuentras perfiles toxicológicos para ingredientes cosméticos?

Asegúrese de comprar una marca que ENUMERE todos los ingredientes, como Younique. Luego google “toxicidad del ingrediente”.
¿Cómo se asignan las leyes cinéticas y las velocidades de reacción a varias reacciones bioquímicas mientras se modela una ruta bioquímica en el laboratorio de estera?

Como han comentado las personas, depende de su modelo. No soy un experto en matlab como código en python-numpy / C ++. Para las vías químicas, utilizo el algoritmo Gillespie de Gillespie. Pero, de nuevo, necesita asignar las…
Hemos superado la naturaleza en muchos campos, como la locomoción, la producción de alimentos, la formación de sociedades (de una vida nómada), pero ¿por qué no hemos avanzado más en la mejora de la capacidad y la eficiencia del cuerpo humano?

Afectamos nuestra biología de forma regular. Y no estoy hablando de ingeniería genética. Usamos vacunas para entrenar a nuestros cuerpos sobre cómo combatir enfermedades sin estar expuestos a esas enfermedades. Sabemos qué nutrientes son necesarios para una vida…