¿Qué bases de datos me permiten buscar enzimas que conviertan el compuesto X en compuesto Y?

ReBit (http://www.retro-biosynthesis.com/) se basa en BRENDA, MetaCyc y KEGG y ayuda a encontrar ciertos compuestos. No estoy muy seguro de cuán extensa es su cobertura.
Bioinformática: ¿Existe algún software disponible para calcular el índice anfipático definido por Cornette et al. (1987)?

No estoy seguro si ya hay una herramienta disponible para eso. Puedo escribir una secuencia de comandos python para calcular AI.
Bioinformática: ¿Cuál es el mejor programa de acoplamiento (interacciones receptor-ligando)?

El mejor recurso para esta información son los resultados de la competencia CAPRI [http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/cap… Normalmente, los mejores intérpretes en CAPRI están utilizando algunos de los mejores softwares. He tenido éxito con ZDock, Rosetta ++, Autodock e incluso Molecular…
¿Qué podemos hacer para relacionarnos con la investigación bioinformática que tenemos la información NGS de una enfermedad en particular?

Para responder a esta pregunta, debe proporcionar más información sobre la enfermedad y cuál es la causa. Por ejemplo, si se trata de una enfermedad relacionada con la mutación genética CNV, etc., puede hacer un análisis para descubrir…
¿Qué trabajos están disponibles para los ingenieros de software que desean avanzar en la investigación médica?

Esta es una pregunta realmente interesante e importante, especialmente en Quora, donde hay tanto talento informático y de ingeniería que no necesariamente están pensando en cómo podrían contribuir fuera de Silicon Valley. Sin entrar en detalles específicos de…
¿Cuál es el valor de tener una base de datos relativamente grande de genotipos humanos o secuencias genómicas?

Ya se han construido grandes bases de datos de secuencias genómicas y genotipos, principalmente en el contexto de asociaciones de enfermedades. En mi humilde opinión, a menos que el esfuerzo de secuenciamiento esté investigando una vía inexplorada de…
¿Existe una base de datos de todos los posibles receptores con los que un medicamento (o molécula) puede reaccionar?

Puede probar ChEMBL (https://www.ebi.ac.uk/chembldb/i…) comisariada por el Instituto Europeo de Bioinformática. También puede probar BindingDB, que proviene de varias fuentes, entre ellas ChEMBL (http://www.bindingdb.org/bind/in…). Para el propósito que describió, querrá buscar por compuesto (http://www.bindingdb.org/bind/By…). Recopila datos de artículos…
¿Cuáles son los cursos que se estudiarán mientras uno persigue una maestría en bioinformática?

Asumiendo que tu biología está a la altura del tabaco. La bioinformática generalmente trata sobre el análisis de datos biológicos. Por lo tanto, supondré que no está muy interesado en aprender a escribir los algoritmos utilizados para dicho…
¿Qué campo tiene las carreras más prometedoras en la industria de bioestadística, bioinformática o informática biomédica? ¿Por qué?

Bioestadística : es la recopilación de los datos biológicos y su procesamiento de casi todos los campos en los que se debe estudiar la biología. Bioinformática: está trabajando principalmente en los datos genómicos. Informática biomédica o informática de…
¿Cómo ven las compañías de seguros la secuenciación del genoma clínico?

Sí, las compañías de seguros reembolsan cuando hay una oportunidad para un resultado clínico. Por ejemplo, las personas de Medical College of Wisconsin informan que pueden recibir un reembolso por su secuenciación pediátrica. Para explorar, “vamos a secuenciar…