¿Qué ecuaciones son necesarias para simular el plegamiento de proteínas?

Este tipo de formulación (“campo de fuerza”) aproxima esencialmente el problema de la estructura electrónica modelando la proteína como una red de “resortes y bolas” (como los modelos de moléculas que construiste en la clase de ciencias de la escuela primaria) y luego minimizando la suma de fuerzas, pares, etc. en las fuentes. Como se puede ver mirando los resultados de CASP (evaluación computacional de la estructura de la proteína) a lo largo de los años, esto es tan crudo que los resultados son principalmente de valor cualitativo, a pesar de los trillones de horas de estudiantes dedicados a “calibrar” los resortes. Dicho esto, a veces la comprensión cualitativa puede ser bastante útil.