La forma de inactivar los genes superstore del tumor es a través de una mutación directamente en el gen, como TP53, que técnicamente no desactiva el gen pero asegura que se vuelve ineficaz, o en las estructuras epigenéticas que controlan la expresión génica. Puede haber un mecanismo adicional que controle la expresión génica (reguinas no codificantes, por ejemplo).
El método más directo y más común para determinar los defectos del gen supresor tumoral es observando las mutaciones primarias.