En realidad es un poco difícil responder a esta pregunta.
Usualmente, si vas a producir una proteína, elegirás el tipo de célula que más imita a la de tipo salvaje, así que si quiero una proteína que generalmente es producida por células humanas, es probable que use una línea celular humana, o al menos una línea celular de mamíferos. Quiero que la glicosilación y el procesamiento postraduccional sean casi idénticos a lo que veríamos en la naturaleza.
Creo que esto sería un experimento bastante simple: produciría una proteína en E. coli y en una línea celular de mamíferos, los usaría en Biacore (Surface Plasmon Resonance, SPR) y vería hasta qué punto terciaria los epitopos se conservan en ambas proteínas.