SMILES se utiliza generalmente para el uso de software primitivo de JMol, mientras que InCHI, PCh y CID son más específicos del software. La extensión de archivo más utilizada y diversa es MOL o MOL2.SMILES se puede utilizar como copia de seguridad para software primitivo y también la extensión pdb es extensivamente usado para trabajar con proteínas. Sin embargo, yo preferiría MOL o MOL2 que los demás.
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