Casi todos los compuestos descubiertos han pasado por un proceso de diseño racional. Para algunos compuestos, la estructura 3D del objetivo es conocida, para otros es desconocida, y para otros el objetivo es desconocido.
En todos los casos, un compuesto pasa por muchas optimizaciones. La estructura química se modifica para ver cómo el cambio afecta la potencia y muchas otras propiedades. Más cambios siguen basados en el análisis de datos racionales.
En aquellos casos donde se conoce un objetivo y hay una estructura 3D disponible, también se pueden usar varias técnicas para observar las interacciones proteína-ligando y sugerir cambios ideales para el compuesto. Esto no es tan sencillo como uno podría pensar, y muchas veces también se da mucha casualidad. La estructura de la proteína cambia de conformación, el ligando se puede unir de una manera diferente, y así sucesivamente.
Para responder a la pregunta, uno de los primeros compuestos descubiertos al observar las interacciones proteína-ligando fue Relenza, ver más en wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Zan…. Esto fue descubierto en 1989, en un momento en que las computadoras no eran tan poderosas para este tipo de cálculos, aunque es interesante que los métodos utilizados hoy en día no sean tan diferentes.
