Absolutamente. Incluso si conocemos el sustrato y el producto, la forma en que se empujan los electrones y la enzima de elección, aún puede haber lagunas en el conocimiento de cómo sobre una base química se unió la enzima al sustrato, formando un catalizador complejo, y permite que el producto salga.
En biología molecular, generalmente podemos simplificar las cosas para que A se una a B. Del mismo modo, podemos simplificar la enzimología usando diagramas y rutas de energía.