ReBit (http://www.retro-biosynthesis.com/) se basa en BRENDA, MetaCyc y KEGG y ayuda a encontrar ciertos compuestos. No estoy muy seguro de cuán extensa es su cobertura.
¿Qué bases de datos me permiten buscar enzimas que conviertan el compuesto X en compuesto Y?
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KEGG es una fuente ligeramente mejor que BRENDA, tiene más cobertura, pero ninguna de ellas le permitirá buscar fácilmente una enzima catalizadora a partir de los compuestos que ingresa. Necesitas hacer un proceso de varias etapas donde encuentres uno de los compuestos de interés, revisa las reacciones en las que está involucrado de una en una hasta que encuentres el que deseas y luego sigue los enlaces a las diversas enzimas catalizadoras.
Si conoce exactamente la reacción que le interesa (cofactores y todo), la base de datos termodinámica de eQuilibrator le permite ingresar la reacción en texto libre (por ejemplo, “glucosa + atp => glucosa 6-fosfato + adp”) y encontrar todos catalizando enzimas (esencialmente está haciendo una búsqueda inversa en KEGG).
MetaCyc http://metacyc.org/ y proyectos similares como PlantCyc y AraCyc merecen un análisis. Además, tienen backends en Lisp, y tales rutas se representan como expresiones S, por lo que analizar y trabajar con estos formatos es bastante agradable.
Pruebe BRENDA: http://www.brenda-enzymes.info/
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