¿Dónde puedo encontrar visualizaciones de bioquímica interactiva animada?

Creo que lo que estás buscando es una combinación de Gromacs y VMD. Si estás buscando una herramienta no científica y más bien una herramienta de enseñanza. Foldit debería estar bien.

http://en.wikipedia.org/wiki/GRO…
http://www.ks.uiuc.edu/Research/…