Ya es enormemente improbable que la vida extraterrestre, de cualquier tipo, pueda de alguna manera corregir mutaciones genéticas en humanos. Es especialmente improbable que lo haga sin causar efectos secundarios dañinos. En mi opinión, las probabilidades de que estos eventos ocurran simultáneamente son casi exactamente 0.
Entonces, como ya estás invocando un escenario esencialmente imposible, no es menos probable que el microbio también corrija las anomalías del desarrollo. Después de todo, este microbio ya se encontrará con un lector como un obvio deus ex machina. Parecerá inverosímil independientemente de sus características específicas, por lo que si logras solucionar mágicamente los problemas de desarrollo asociados con la FQ, nadie te sorprenderá (al menos, no en comparación con el microbio que ya es imposible).
Un escenario mucho más plausible es simplemente un régimen de terapia celular y genética que es terriblemente costoso y lleva muchos meses. Tal vez la tecnología no esté ampliamente disponible. Quizás el protagonista es un caso de prueba. De todos modos, siempre se puede jugar el regreso milagroso de su virilidad como un efecto secundario desconcertante del tratamiento experimental, tal vez un efecto que es difícil de replicar. Esto también conduce a la posibilidad intrigante de que las células utilizadas en la terapia podrían haber sido de otro individuo, o incluso haber sido completamente sintéticas. Permite la posibilidad de que los niños resultantes puedan tener anormalidades genéticas específicas que el protagonista no posee, e incluso podría ser un punto de la trama, ¿tal vez las muestras fueron manipuladas? Etc.
Mi punto es que si vas a escribir SciFi sobre un microbio que cura misteriosamente la FQ, tendrás que hacer todo lo posible para que el lector se sienta cómodo con la idea, especialmente si el lector tiene experiencia en biología. Es más seguro y más fácil seguir con las tecnologías que son al menos teóricamente plausibles, incluso si ciertos parámetros de diseño están actualmente más allá de la fabricación moderna.