Esa es una pregunta interesante, y parece que no hay una respuesta obvia. Creo que las vacunas no cambiaron el ambiente, es decir, las vacunas no introdujeron una nueva presión de selección. La mayoría de las vacunas imitan las infecciones naturales, como el sarampión, las paperas, la polio y la fiebre amarilla. Incluso sin vacunas, la inmunidad adquirida aún se desarrolló después de las infecciones naturales. Dado que la inmunidad adquirida después de las infecciones naturales no indujo mutaciones de resistencia de estos virus, tampoco lo hacen las vacunas. Sin embargo, algunos virus como la influenza, el VHC y el VIH constantemente mutan para escapar de la inmunidad adquirida. Así que las vacunas contra la gripe se vuelven ineficaces rápidamente, e incluso no existe una vacuna para el VIH y el VHC.
Mientras que, por otro lado, los antibióticos introdujeron nuevas variables a las bacterias, porque el cuerpo humano no produce antibióticos de forma natural. Entonces, la introducción de antibióticos cambió el ambiente, lo que causó que las bacterias se adaptaran al nuevo entorno.
Así que supongo que no siempre es cierto que las vacunas no causan resistencia. Si la inmunidad provocada por las vacunas no está presente en las infecciones naturales, es probable que se desarrolle resistencia. Y si administramos medicamentos antivirales a virus “estables” como el sarampión, la poliomielitis y la fiebre amarilla, la resistencia a los medicamentos seguirá desarrollándose, ya que los medicamentos antivirales modifican el medio ambiente.