La temperatura tiene un efecto directo en la eficacia de la enzima.
Las enzimas tienen una estructura terciaria (3-D) que es (generalmente) muy sensible a los cambios de temperatura. Demasiado calor (o demasiado frío) afecta el ajuste del “apretón de manos” de la enzima y el sustrato a través de la desnaturalización. Esto puede ocurrir en humanos a temperaturas tan bajas como 45-50ºC. Muchas reacciones mitigadas enzimáticamente continúan deteriorándose a medida que aumentan las temperaturas extremas.
Un efecto anciallary, e importante, de las temperaturas extremas es el efecto directo sobre la constante de velocidad de reacción del proceso.