Southern Blots, como muchos ensayos de hibridación de marcador único, son de la vieja escuela y casi obsoletos. Su uso restante hoy es principalmente para detectar el número de copia. Incluso entonces, las técnicas de qPCR pueden sustituir a Southern Blots en muchos casos.
Los ensayos basados en PCR y PCR son superiores en la mayoría de los aspectos prácticos. Proporcionan más precisión, resolución y requieren menos mano de obra.