¡Obviamente, sí! El ejemplo más simple es el de las transferasas. Las transferasas son enzimas que transfieren varios grupos a sus sustratos. ¡Y muchas veces, los sustratos para esta transferencia son otras enzimas! Transferase – Wikipedia
Una clase muy importante de transferasas son las quinasas, que transfieren un grupo fosfato. Existen muchas quinasas que fosforilan residuos específicos en enzimas (como tirosina, serina, etc.) para activarlas o desactivarlas. De hecho, este es un paso muy importante de cualquier vía de transducción de señales.
Entonces, sí, las enzimas actúan con mucha frecuencia sobre otras enzimas. (por ejemplo, tirosina quinasas)