Cómo encontrar algunos sistemas biológicos interesantes para el trabajo de biofísica computacional

Antes que nada, ¡lee los periódicos! Especialmente de JCTC (más tipo cuántico que los sistemas clásicos), JCP (mezcla justa de cuántica y clásica), JPCL, JPCA / B, PCCP, PNAS, PRL, JMB, etc. Pase unas semanas o meses haciendo esto, que es idealmente el primer año de la escuela de posgrado es para. Encuentra problemas que te parezcan interesantes y para los que podrías utilizar tus habilidades inmediatas. Luego, piense que falta algo en los documentos sobre este problema que sea una “fruta fácil de alcanzar”, o tal vez no una fruta fácil de conseguir, sino una mejora obvia que debería considerarse. ¿Por qué nadie lo ha hecho? ¿Es demasiado obvio? ¿O es muy difícil? Encuentra problemas en un óptimo feliz entre estos dos extremos. Luego, piensa en cómo puedes atacarlo. ¿Por qué nadie lo ha resuelto? ¿Por qué deberías tener éxito? Piensa en muchas ideas y, como dijo Linus Pauling, descarta las malas. Ayuda si el problema tiene un impacto social. Su ciencia a largo plazo será más fácil de financiar, y se sentirá como un miembro útil de la sociedad. También ayuda si hay observaciones experimentales directas y claras para verificar lo que haces. Relacionado, elija un sistema para el cual haya campos de fuerza confiables.

En segundo lugar, ¿su asesor estaría interesado en este problema? Si no, piense dos veces. Los mejores problemas, al menos en mi experiencia, son los que se te ocurrieron, pero a tu asesor también le interesa. Juntos, podrás abordarlo y divertirte trabajando en ello.

Dos de mis ejemplos personales que pueden ayudarte. Cuando comencé un postdoc de 2 años con Michele Parrinello en ETH, me di cuenta de que había una necesidad de obtener constantes de velocidad cinética (insesgadas) a partir de simulaciones metadinámicas (sesgadas). Tenía los antecedentes para este tipo de problema y mi asesor estaba interesado en él. Eso llevó a una colaboración muy satisfactoria. Nuevamente, durante mi próximo postdoc con Bruce Berne en Columbia, me di cuenta de que no me gustaban los métodos existentes para encontrar variables colectivas o coordenadas de reacción. Tenía una idea de cómo hacerlo (una vez más, vinieron un montón de ideas, en su mayoría malas hasta una buena), a mi jefe le encantó el problema, y ​​pronto sucedió esto.

Espero que esto ayude.

Gran pregunta y aprecio la solicitud. Creo que no hay realmente un enfoque definitivo. Si está interesado en la simulación de MD y el cálculo de energía libre, lo animo a que lea los documentos de sonido recientes que proporcionan evidencia EXPERIMENTAL relevante. Intentar responder a preguntas intermedias puede directamente comparar o complementar datos experimentales, como energía libre, dinámica de escala de nanosegundos. Todo puede ser interesante, pero me gustó mucho trabajar en biofísica computacional con respecto a la dinámica del agua, el canal de iones, las interacciones ARN-proteína.