La PCR cuantitativa en tiempo real ha llegado en los últimos años a la vanguardia de las técnicas para el diagnóstico rutinario de enfermedades infecciosas. Permite la detección rápida de bacterias en muestras clínicas, permitiendo el diagnóstico de infecciones por bacterias que son difíciles o imposibles de cultivar, y puede, en muchos casos, permitir una evaluación rápida de la presencia de genes de resistencia a antibióticos.
PCR presenta las ventajas de alta velocidad, sensibilidad, especificidad, bajo costo y análisis automatizado. Las desventajas incluyen el hecho de que PCR solo puede identificar objetivos predefinidos. No es práctico intentar un análisis ciego de todos los posibles patógenos. Para utilizar la PCR en el diagnóstico, el médico ya debe haber desarrollado una hipótesis etiológica. Además, para virus altamente variables, tales como enterovirus, papilovirus, adenovirus, etc. , las pruebas de PCR se dirigen necesariamente a loci conservados y, por lo tanto, no distinguen entre genotipos.
La PCR panbacteriana emplea cebadores universales basados en el gen que codifica el ARN ribosómico 16S. Ha sido ampliamente utilizado para la identificación de bacterias a nivel de género y especie. Permite la identificación de amplio espectro y la detección de bacterias, siempre que una sola especie dominante esté presente en la muestra clínica. Si hay múltiples especies presentes, la mezcla de secuencias de ADNr 16S será difícil de analizar y requerirá técnicas más específicas para identificar especies individuales (clonación de ADN, secuenciación de alto rendimiento, ionización por electrospray [ESI], espectrometría de masas, etc.) Software capaz de clasificar a través de los productos de una infección mixta ha llegado recientemente al mercado.
Para permitir la detección simultánea de múltiples agentes, se han desarrollado ensayos de PCR multiplexados para múltiples loci que utilizan múltiples sondas marcadas. Todavía es necesario que los ensayos multiplexados se restrinjan a ciertos síndromes para limitar el rango de patógenos que se probarán simultáneamente, y el rango de PCR múltiple puede mejorarse mediante la aplicación de técnicas adicionales tales como ESI. Se encuentran disponibles kits de diagnóstico dirigidos a rangos específicos de patógenos.
La disponibilidad y velocidad crecientes y el costo decreciente por base de secuenciación de próxima generación apuntan a una estrategia alternativa, que adopta técnicas desarrolladas en estudios metagenómicos del microbioma. Esencialmente, la secuencia de todas las especies de NA de una muestra se puede determinar y comparar con las de las bases de datos. Las técnicas avanzadas de software a veces pueden proporcionar la recuperación de genomas completos de patógenos de las muestras, o al menos de grandes secuencias parciales. Los estudios metagenómicos han demostrado la capacidad de descubrir virus, fagos, bacterias, parásitos u hongos inesperados de muestras clínicas.
La secuenciación del genoma completo omite la necesidad de diseñar cientos de cebadores específicos capaces de dirigirse a múltiples patógenos. Por el lado negativo, la amplificación aleatoria también amplifica la NA del huésped, lo que complica la búsqueda de secuencias microbianas. También es actualmente una técnica costosa. En la actualidad, la secuenciación completa del genoma aún requiere desarrollo y reducción de costos antes de que se convierta en una prueba de rutina en el diagnóstico de enfermedades infecciosas.
¿Puede el asma causar reflujo?
¿Cuál es la mejor solución para disminuir la fiebre?
Otras lecturas:
PCR en tiempo real como herramienta de diagnóstico para enfermedades bacterianas (2012)
Mejores pruebas, mejor atención: diagnósticos mejorados para enfermedades infecciosas (2013)
El diagnóstico de enfermedades infecciosas por secuenciación de próxima generación del genoma completo: una nueva era se está abriendo (2014)
