El mecanismo molecular es un término muy amplio que a todos nos gusta usar cuando no estamos seguros de lo que hace una proteína, así que asumiré que la pregunta es sobre la función. Aquí hay algunas cosas que puede hacer:
Ya se ha mencionado en muchas de las respuestas, pero una buena forma de buscar la función es encontrar los socios vinculantes de esa proteína. Para esto, puede tomar un enfoque candidato: investigue esencialmente si la Proteína X interactúa con otras proteínas mediante métodos como la coinmunoprecipitación. Sin embargo, este es un enfoque sesgado, y no es tan fácil encontrar socios vinculantes candidatos si no tienes idea de lo que X hace. Los enfoques imparciales incluyen técnicas tales como pantallas de levadura-dos-híbridos y purificación de afinidad en tándem. Yo comenzaría allí.
Otra buena forma de investigar lo que hace una proteína es realizar estudios de ganancia y pérdida de función . Esto se puede hacer en sistemas de cultivo celular y / o organismos modelo. ¿Qué sucede si usted produce demasiada X (es decir, la sobreexpresa en células o crea un modelo transgénico)? ¿Qué sucede si lo elimina genéticamente (es decir, derribos y nocauts, que se han vuelto mucho más fáciles de realizar con el advenimiento de la tecnología de edición de genes)? Yo no llamaría a este mecanismo molecular per se, después de todo, un knockout no le dirá en qué vía X está funcionando, pero sigue siendo un paso importante en la función de elucidación cuando se ve el panorama general.
Finalmente, también mencionado en las respuestas, las estructuras secundarias y terciarias de las proteínas a menudo se pueden predecir y modelar computacionalmente (I-TASSER es bastante bueno en esto). Intente buscar dominios conservados (NCBI tiene una base de datos), ejecute simulaciones que pronostiquen topología y localización, etc. Por supuesto, deberá tomar estas predicciones al pie de la letra y afirmarlas experimentalmente, pero siempre es un buen lugar para comenzar. Estas predicciones también son importantes para diseñar sus enfoques experimentales. Por ejemplo, muchas técnicas bioquímicas deben modificarse en el caso de las proteínas de membrana.
