En los organismos vivos, los AA generalmente forman cadenas lineales: péptidos (generalmente de menor longitud) y polipéptidos (más largos). En raras ocasiones, ciertos AA pueden dar ramas en la cadena polipeptídica (llamadas cadenas ramificadas). En condiciones normales, tales cadenas ramificadas se pueden encontrar en la formación de enlaces disulfuro. Algunas veces, los polipéptidos se pueden entrecruzar y formar cadenas ramificadas debido a un factor del medio ambiente: algunos productos químicos pueden reticular péptidos, también los dañinos UV en algunos casos, y las especies reactivas de oxígeno. Además de pocos casos específicos, las cadenas ramificadas de poliAA son indicativas de daños celulares o una enfermedad.
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