Los beneficios del uso de enzimas es que son catalizadores maravillosamente específicos y también pueden ser muy eficientes. Generarán muy pocos subproductos (un problema con la catálisis de metales) y pueden funcionar a un ritmo asombroso. En general, tampoco son tóxicos y no requieren elementos raros y costosos para fabricarlos.
Pero, las enzimas también tienen muchos inconvenientes. Las enzimas son notoriamente frágiles y tienden a ser muy exigentes con el entorno en el que trabajan. Habrá que trabajar mucho para diseñar un entorno en el que las enzimas puedan operarlo. También son difíciles de producir. Dicho esto, algunos investigadores están tratando de desarrollar métodos más confiables para usar enzimas como catalizadores industriales.
Puede resolver algunos de estos problemas utilizando en su lugar bacterias, que han sido genéticamente modificadas para crear su enzima de elección. También presentan problemas, como la prevención de la liberación accidental (las personas se irritan si liberas un OMG en la naturaleza). Pero han demostrado ser prometedores, especialmente en el desglose de residuos industriales (útil para la industria porque cuanto más peligroso es el desecho, más cuesta disponer de él adecuadamente).
