Las enzimas tienen un pH óptimo más o menos estrecho en el que trabajan, dependiendo de las condiciones de su entorno. La pepsina, por ejemplo, es activa en el estómago, que es bastante ácida y tiene un pH óptimo de 2.0, mientras que la tripsina, que está activa en el intestino delgado, tiene un pH óptimo de alrededor de 8.5.
Los cambios en el pH primero afectan la forma de la proteína, los enlaces de hidrógeno entre los aminoácidos de la molécula y demás, y también la forma del centro activo de la enzima. Pequeños cambios en el pH hacen poco o nada, luego ocurren cambios reversibles y finalmente la enzima se desnaturaliza irreversiblemente.
La relación entre la actividad enzimática y el pH siempre se ve así (la curva puede ser más pronunciada, si el rango óptimo es pequeño y más amplio si el rango es más amplio):
