Primero necesitas la mezcla de proteínas en solución y debes purificarlas para que las proteínas se separen de forma tal que una solución o una fase sólida (gel) contenga proteína pura. Típicamente esto se hace por cromatografía líquida o electroforesis en gel. En ambos casos, utiliza dos propiedades físicas diferentes de las proteínas (p. Ej., Peso molecular y carga) para lograr la mejor separación posible (purificación) y asiente la mezcla de proteínas.
A continuación, las proteínas purificadas se digieren con una enzima (típicamente tripsina) para producir péptidos. Luego, estos péptidos se miden usando un espectrómetro de masas (MS) y el rango de masas observadas para todos los diferentes péptidos presentes se compara con una base de datos de proteínas conocidas que se han sometido a una digestión teórica con la misma enzima. Este proceso de determinación de las masas presentes y de comparación con una base de datos de compendios teóricos se denomina impresión de dedos de masa peptídica (PMF).
El PMF debería permitirle identificar la proteína presente.
Se puede lograr una confirmación adicional de la identidad de la proteína usando técnicas de MS para secuenciar los péptidos.
