¿En qué se relacionan las coordenadas X, Y, Z en un archivo de base de datos de proteínas (PDB)?

La coordenada XYZ 0,0,0 se encuentra en la esquina de una unidad asimétrica de la red cristalina.

Aunque, también es algo arbitrario, y puede ser movido por el usuario.

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Por lo general, no son relativos al centro de masa. El centro del cuadro que rodea su archivo PDF es más probable que sea el centro de la ventana periódica. Suponiendo que está escribiendo un software para determinar el radio de giro, debería poder usar los puntos que extrajo del PDB para calcular el COM con bastante facilidad.

Herschel Watkins

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