Con una historia de casi 250 años, la homeopatía es una ciencia discreta, uno de los muchos aspectos que componen la Educación Médica Naturopática. Naturopathic Medicine es un arte holístico y científico, lo que significa que los profesionales están entrenados para personalizar un plan de tratamiento para un individuo teniendo en cuenta factores físicos, mentales, emocionales, espirituales y socioeconómicos. La aplicación correcta de la homeopatía depende de tomar la totalidad de los síntomas que experimenta una persona, por lo que es una de las pocas modalidades terapéuticas verdaderamente holísticas.
La mayoría de las otras terapias tienden a ser reduccionistas. Por ejemplo, si la persona A se queja del síntoma B, recibe tratamiento C. La homeopatía no es así. Por esta razón, la homeopatía lleva años, incluso décadas, para llegar a ser lo suficientemente competente como para ver resultados confiables. Tal experiencia seguramente no se obtiene a través de 4 años de cursos disponibles en los Programas Médicos Naturopáticos, sin embargo, se obtienen herramientas y recursos para apoyar la educación continua y la práctica necesaria para el dominio. Los principios de la Medicina Naturopática dictan que se debe hacer daño mientras se confía en las capacidades de autocuración innatas del cuerpo. Si bien no todos los médicos de Naturopathic implementan la homeopatía en la práctica clínica, su aplicación adecuada es un ideal terapéutico que todos los médicos de Naturopathic deben esforzarse.