Respuesta corta: no lo sé.
Respuesta mediana: ¿A qué rango necesita estar Kd o Ki, y qué tan similar debe ser Kd o Ki entre diferentes dominios PDZ (y sus socios de unión)?
Respuesta más larga: no sé si hay una sola molécula identificada que sea capaz de unirse (con una afinidad suficientemente alta como para importar) a cualquier dominio PDZ. Los dominios PDZ, aunque similares, suelen agruparse en tres clases con diferentes motivos de unión por consenso, aunque se han sugerido al menos 16 clases diferentes (véase, por ejemplo, Tonikian et al., 2008 – Un mapa de especificidad para la familia de dominios PDZ) con ciertas preferencias de motivo vinculante. Esto sugiere que, si bien podría imaginar una única molécula que podría unirse a todos, la afinidad de unión y, por lo tanto, la potencia de la inhibición probablemente variarían enormemente entre diferentes dominios de PDZ (con concentraciones suficientemente altas de cualquiera de los péptidos, probablemente se uniría , pero eso probablemente sería biológicamente irrelevante).
Las personas que buscan encontrar inhibidores de las interacciones PDZ-proteína parecen estar preocupadas por encontrar inhibidores específicos, y todos afirman que debido a la naturaleza conservada de muchos de estos dominios, podría ser difícil encontrar especificidad (véase, p. Ej., Inhibición de dominios de PDZ mediada interacciones y). Por otro lado, el artículo (Un mapa de especificidad para la familia de dominios PDZ) identifica grandes bibliotecas de ligandos peptídicos únicos y muestra que los dominios PDZ tienen “alta especificidad a través del reconocimiento de múltiples características de los últimos siete residuos del péptido C-terminal”. ligandos “.
Así que mi mejor suposición es que es posible, pero probablemente sea difícil encontrar algo con afinidad similar (alta) para cada dominio PDZ.
