¿Cuántas proteínas mitocondriales distintas hay?

Depende de las especies. Para un buen punto de partida, echa un vistazo a MitoCarta: Un inventario de genes mitocondriales de mamíferos. Publicado por el Broad Institute, proporciona un compendio de proteínas con un fuerte apoyo para la localización mitocondrial.

Hay 1098 genes de ratón Mitocarta y 1013 genes humanos Mitocarta.

Aquí está la referencia original, publicada en Cell: Un compendio de proteína mitocondrial dilucida la enfermedad del complejo I bio …

13 polipéptidos están codificados en el genoma mitocondrial.
http://www.sciencedirect.com/sci

editar: esto es solo ADNmt (es decir, en las mitocondrias), pero la mayoría de las proteínas mitocondriales se encuentran en el ADN nuclear.

edición 2: Parece ser 1254 proteínas mitocondriales: http://www.nature.com/srep/2013/