¿Las proteínas reportadoras de GFP son particularmente vulnerables a la formación de agregados?

¡Sí! Hay casos en que forman agregados. Por ejemplo, cuando tratas de expresarlo usando un plásmido de inducción y usas una alta concentración del inductor (tal vez arabinosa, etc.), hay posibilidades de que la GFP expresada se agregue. De hecho, he experimentado la agregación de una proteína de membrana marcada con GFP que expresé bajo una inducción de arabinosa de 0.2%. Todo depende de la célula con la que estés trabajando, la concentración del inductor y muchos otros factores.