Los geles de poliacrilamida se componen de un gel de apilamiento y un gel de separación (gel separador). Los geles de apilamiento tienen una mayor porosidad en relación con el gel de resolución y actúan para concentrar las proteínas en la muestra en una zona de partida fina. Los geles de resolución tienen una porosidad más baja y actúan para separar las proteínas en función del tamaño (en SDS-PAGE) o del tamaño y la carga (PAGE nativa).
Un sistema común usa tampón Tris-glicina a pH = 6.8 en el gel de apilamiento y Tris-HCl a pH = 8.8 en el gel de resolución. Sin embargo, hay disponible una variedad de sistemas de almacenamiento intermedio de acuerdo con la naturaleza de la muestra bajo investigación. Por ejemplo, β-alanina / ácido acético a pH = 3,8 o 6-amino-n-hexanoicoácido / ácido cacodílico a pH = 5,2, ambos implican la migración al cátodo, separarán las proteínas con una amplia gama de puntos isoeléctricos.
