Los estudios que encontré sobre el efecto sobre el ARN mediante fijación con formalina sugieren que los ARN no se degradan necesariamente, sin embargo, se crean múltiples modificaciones o enlaces cruzados en los grupos amino de los nucleótidos, haciéndolos inadecuados para la amplificación o detección mediante sondas de ARN.
Este es un buen documento que utilizó análisis de espectrometría de masas para identificar las modificaciones que se forman en los ARN: Análisis de la modificación química del ARN de muestras fijadas en formalina y optimización de las aplicaciones de biología molecular para tales muestras. Los puntos principales de este documento son:
- El proceso de fijación con formalina no degrada el ARN, siempre que se utilice un método adecuado para la solubilización del tejido después de la fijación.
- La amplificación por RT-PCR de fragmentos de ARN más largos está alterada, y este deterioro muestra una correlación positiva entre la longitud del fragmento y el tiempo de fijación, lo que sugiere que el ARN se modificó mediante la fijación del tejido.
- La espectrometría de masas de oligómeros de ARN tratados con formalina reveló que múltiples restos de masa 30 Da, y estos restos muy probablemente representaban la adición de mono-metilol (N-CH2-OH) a los grupos amino de las bases.
- Para los ARN solo de adenina, los picos más pesados de 12 Da acompañaron a cada uno de los picos de 40 Da, que muy probablemente representaban productos puente de metileno entre bases vecinas (N-CH2-N) formadas por la condensación de bases amino y N-metilol.
- La tasa de modificación promedio para varias bases después de una fijación de formalina de 16 horas fue: 39.2% para adenina, 32.9% para citosina, 7.1% para guanina y 4% para uracilo, y estas modificaciones aumentaron casi la mitad luego de una formalina de 7 días -fijación. Esto sugiere que el grupo amino terciario fue el objetivo principal para el ataque de formalina. Las altas tasas de modificación para la adenina también podrían explicar por qué es difícil amplificar los ARNm que contienen colas de poli (A).
- Estas modificaciones fueron parcialmente reversibles calentando el ARN antes de la síntesis de ADNc.
No estoy seguro de cuán severamente se afectan los miRNAs . De acuerdo con el documento anterior, los ARN más cortos deberían ser más fáciles de amplificar. Otro documento también demuestra que los miRNA son relativamente más fáciles de detectar en comparación con los RNA más largos.
Fuentes:
- Análisis de modificación química del ARN a partir de muestras fijadas con formalina y optimización de aplicaciones de biología molecular para tales muestras
- Comparación de patrones de expresión de miARN utilizando ARN total extraído de muestras combinadas de células embebidas en parafina fijadas en formalina (FFPE) y células congeladas a presión
