¿Está optimizado el número de nucleótidos y la longitud del codón en el ADN (teniendo en cuenta la solidez, la capacidad de decodificación exclusiva y la eficacia de decodificación) suponiendo que el número de aminoácidos codificados está fijado en 21?

¿Por qué tantas suposiciones?

P: ¿Son 4 nucleótidos óptimos? (ignorando la metilación de la citosina, que no cambia lo que significa el codón)
R: No, con 6 nucleótidos menos ADN sería necesario. Sin embargo, ni la naturaleza ni los científicos han logrado encontrar otros nucleótidos igualmente robustos.
Por lo que sé, el mejor intento tenía solo un 99,4% de fidelidad de copia.
Bacteria sobrevive a un trasplante de ADN no natural

P: ¿La longitud 3 del codón es óptima para 21 aminoácidos?
A: Sí. La longitud 2 permitiría solo 16 codones de aminoácidos / parada.
Tener todos los codones con la misma longitud probablemente mejore la robustez de la decodificación.

P: ¿Se podrían codificar más de 21 aminoácidos con la longitud de codón 3?
A: Sí. La longitud 3 permite 64 aminoácidos / codones de parada.

P: ¿Entonces se desperdician muchas posibilidades?
R: No es tan malo como parece. Algunas secuencias se decodifican más rápido, algunas más lentas. De modo que también se puede codificar la velocidad y la precisión de la formación de proteínas.
http://journals.plos.org/plosbio…

Los 8 de esos 64 codones, aquellos con CG en él, se utilizan con menos frecuencia en los vertebrados. http://en.wikipedia.org/wiki/CpG…
Esto tiene una función en la detección de ADN de patógeno viral, fúngico y bacteriano intracelular.

P: ¿Son los 21 aminoácidos reales (y el codón de parada) decodificables de manera única con solo esos codones de 3 nucleótidos de longitud?
R: No del todo. El aminoácido 21, selenocisteína, requiere un elemento SECIS (aproximadamente 40 nucleótidos de longitud) cerca del codón, que de lo contrario significa parada. En las mitocondrias ese mismo codón significa triptófano.