¿Por qué el sodio no puede pasar a través de un canal de potasio y viceversa?

Quiero agregar un suplemento a la gran respuesta de Suzanka Bett.

En primer lugar, esta es una gran pregunta; los canales iónicos son sumamente elegantes. Este es también un campo de investigación en curso, hay muchas teorías pero ninguna prueba concluyente todavía. La diferencia de tamaño entre [matemáticas] Na ^ {+} [/ math] y [math] K ^ {+} [/ math] es una de esas teorías (hay un poco más sobre esto). Escribo para ofrecer algunas ideas mecanicistas, más específicamente:

  • ¿Cuál es exactamente el proceso de selección de iones y cómo se logra esto? es decir, la diferencia en el radio de Pauling entre [matemáticas] Na ^ {+} [/ math] y [math] K ^ {+} [/ math] es 0.38 [math] \ AA [/ math], ¿qué características debe tener el canal? para distinguir uno de otro.

Figura 1: tamaños relativos de algunos iones, desde: filtros de poros y selectividad

Nota: esta publicación está limitada a los canales con voltaje controlado

  • Selectividad de los canales de sodio

La selectividad de los canales [math] Na ^ {+} [/ math] sigue siendo esquiva, y estos canales no están tan bien estudiados como los canales [math] K ^ {+} [/ math].

  • [math] Na ^ {+} [/ math] los iones pasan a través de los canales de sodio regulados por voltaje (Nav) en un estado hidratado o parcialmente deshidratado (se argumenta en gran medida que los iones de sodio pasan a través de un estado hidratado), dependiendo de la dimensión de el poro (La permeabilidad del canal de sodio a la orga … [J Gen Physiol. 1971])
  • Los sitios de unión de iones del canal se denominan filtro de selectividad (SF).
  • En los canales de navegación de mamíferos, hay dos anillos de filtros de selectividad. (Modelo molecular de la acción potencial … [Proc Natl Acad Sci US A. 1986])
  • El anillo exterior consta de 4 residuos cargados (EEDD o EEMD), y se sabe que juega un papel pequeño en la “selectividad iónica”. (Carga en el residuo del sitio de unión de lidocaína Phe-1 … [J Physiol. 2007])
  • El anillo interno se compone de residuos altamente conservados (DEKA). Y este anillo interno tiene la hipótesis de jugar un papel más importante en la selectividad de iones. (Sobre la base estructural de la selectividad iónica amon … [Biophys J. 1996])
  • Como era de esperar, ha habido muchos estudios que exploran la selectividad de iones de sodio, mediante la mutación de residuos en el filtro de selectividad. (Análisis del filtro de selectividad del canal de sodio regulado por voltaje NavRh)
  • Los estudios demuestran que la mutación de K de DEKA da como resultado la permeabilidad a los iones de calcio y potasio. Y la mutación de DEKA a EEEE hace que el canal sea selectivo hacia el calcio. Características del canal de calcio conferidas al sodi … [Naturaleza. 1992] (ahora, ¿eso es genial o es genial?)
  • Se sabe que la unión del ion sodio implica interacciones dinámicas con a) agua yb) residuos proteicos.
  • Un estudio que examina la selectividad de [math] Na ^ {+} [/ math] plantea la hipótesis de que la distinción entre iones de sodio y potasio es una combinación de (a) revestimiento de poros o el filtro de selectividad y (b) el tamaño de poros en el plano de el filtro de selectividad (Mecanismo de permeación y selectividad de iones en un canal de sodio con voltaje controlado)
  • Aunque [math] K ^ {+} [/ math] puede caber a través del poro, con una capa de hidratación completa, no puede hacerlo en el plano del filtro de selectividad, debido a los residuos con carga negativa (DE de DEKA).

Figura 2: (A) [matemáticas] K ^ {+} [/ math] puede caber a través del poro (B) [matemáticas] K ^ {+} [/ math] no puede caber a través del poro cuando D o E es presente. (C) [matemáticas] Na ^ {+} [/ math] se adapta cómodamente a través del poro debido a su tamaño más pequeño. Imagen de: Mecanismo de permeación iónica y selectividad en un canal de sodio con voltaje controlado

  • Por lo tanto, la disposición geométrica de iones, revestimiento de poros y agua, influye en la selectividad iónica.
  • Selectividad de los canales de potasio

Los canales de potasio han sido más ampliamente estudiados. El grupo de Roderick MacKinnon determinó la estructura tridimensional de los canales de potasio (conservación estructural en procariotas y eucariotas … [Science, 1998]) y pudo explicar la selectividad de estos canales con experimentos bioquímicos. (La estructura del canal de potasio: molecular ba … [Science, 1998]). De nuevo, esto es solo una teoría / hipótesis y no una prueba concluyente.

  • El filtro de selectividad en los canales de potasio se caracteriza por una secuencia conservada, TVGYG. (Página en nature.com)
  • Esta secuencia está presente en la parte más restringida de la vía.
  • Debido a la constricción, los iones deben ser despojados de las moléculas de agua antes de ingresar al canal.
  • En el canal, los residuos del filtro de selectividad reemplazan las moléculas de agua con átomos de oxígeno polares.

Figura 3: Canal de potasio que muestra la secuencia conservada y los iones de potasio, de: RCSB PDB-101

  • El sodio, por otro lado, es un átomo más pequeño, pero tiene una mayor energía de hidratación, es decir, es más difícil extraer las aguas de sodio:

Figura 4: Comparación de sodio y potasio, de: Page en caltech.edu

  • Por lo tanto, el canal está alineado por átomos de carbonilo del filtro de selectividad, y está limitado geométricamente de modo que solo un K ^ {+} [/ math] deshidratado se ajusta con la coordinación apropiada, pero el [matemático Na ^ {+} [ / math] es muy pequeño. Además, el enlace [math] Na ^ {+} [/ math] es termodinámicamente desfavorable. (Página en nih.gov)

Los procesos en las células vivas son de hecho reacciones químicas muy específicas que ocurren en condiciones óptimas muy específicas. Le daré una descripción general de la forma en que la bomba de sodio y potasio realiza el transporte. Es un ejemplo de transporte activo. En su estado “abierto”, la proteína tiene una alta afinidad para unir los iones de sodio. Cuando tres de ellos llenan los sitios activos, el ATP fosforila la proteína, causando un cambio de conformación. Lo presentan como la bomba que se cierra para el citosol y se abre hacia el espacio extracelular. El resultado del cambio de conformación es que la afinidad hacia [math] Na ^ + [/ math] se reduce significativamente, por lo que los iones abandonan la proteína. Al mismo tiempo, la afinidad hacia [math] K ^ + [/ math] aumenta significativamente, por lo que dos de los últimos se unen a los centros activos recién formados, provocando de nuevo un cambio conformacional que se acompaña de desfosforilación. Como resultado, la bomba se abre nuevamente hacia el citosol. La afinidad hacia [math] K ^ + [/ math] se reduce, por lo que los iones se liberan dentro de la celda y el proceso puede comenzar de nuevo.

La razón por la que esto se observa es el radio atómico diferente de [matemáticas] Na ^ + [/ math] y [math] K ^ + [/ math]. Ambos pueden tener un electrón de valencia, pero la estructura más estable de sus complejos tiene diferentes longitudes de enlace de equilibrio e incluso diferentes números de coordinación. En la química de bajo peso molecular, se sabe que los éteres de corona son buenos ligandos para los iones alcalinos. 15-corona-5 se une con éxito al sodio y 18-corona-6 funciona bien para el potasio.

Como puede ver, el anillo macrocíclico más grande no puede apretarse lo suficiente alrededor del pequeño ion de sodio, por lo que los enlaces al ligando son más largos y, por lo tanto, más débiles, y la formación de un complejo es poco probable.

En primer lugar, el sodio puede pasar un canal de potasio. Es menos probable. Especialmente, si el potasio está alrededor del canal, prefiere tomar potasio.

La parte del poro de un canal de potasio que es responsable de la selectividad es el llamado “filtro de selectividad”. Esta parte es tan estrecha que solo los iones individuales y las moléculas de agua pueden pasar generalmente en una cadena. El filtro tiene grupos carboxílicos alineados de manera que el oxígeno imita el oxígeno de la capa de hidratación de los iones de potasio en el agua. Por lo general, costaría mucha energía despojarse del caparazón de hidratación, pero como el filtro lo reemplaza, el ion puede pasar fácilmente del agua al filtro y regresar.

Ahora bien, lo mismo ocurre con el sodio, sin embargo, el sodio es un poco más pequeño que el potasio. Cuando el sodio entra al filtro, el filtro colapsa ligeramente alrededor de la carga positiva del ion y se une al sodio. El sodio queda atrapado dentro del filtro de selectividad.

Con el potasio, el filtro se mantiene en la misma forma y no necesita reorganizarse. Por lo tanto, el potasio puede filtrarse rápidamente, precipitarse y dejarlo, seguido por el siguiente ion de potasio o agua.

Esto es lo que observo en mis simulaciones con canales de potasio con iones de sodio.

Los canales de sodio son lo suficientemente pequeños físicamente como para que el tamaño de iones solo impida que el K + pase a través de los canales de sodio

Na + generalmente pasaría a través de un canal de K + en la dirección del gradiente, pero recuerde que, en general, estos canales funcionan en contra de la difusión.

Además, el canal es demasiado grande para que el ión sodio sea efectivamente atraído a lo largo de las paredes del canal de Potasio.