¿Qué mantiene unido al átomo?

Estás hablando de dos fuerzas diferentes. Las fuerzas que mantienen unido al átomo son 1) electromagnético para unir los electrones al núcleo para formar un átomo y 2) nuclear para mantener unido el núcleo del átomo a pesar de la repulsión electromagnética entre los protones.

Esta misma fuerza electromagnética une átomos entre sí para formar moléculas también. Luego, la fuerza electromagnética se une nuevamente entre átomos o moléculas para formar cristales (el sólido fácil de comprender), otros sólidos, líquidos y gases.

Esta es la razón por la cual la fuerza electromagnética explica gran parte de lo que experimentamos todos los días. La fuerza nuclear que experimentamos solo de forma indirecta, típicamente mediante la conversión de un evento nuclear en uno electromagnético, por ejemplo, detectando la desintegración alfa al detectar el núcleo de helio de alta energía emitido.

Si está interesado en el átomo y más arriba, entonces la fuerza de unión es electromagnética indudablemente, aunque puede existir otro tipo de fuerza pero no de importancia. El verdadero problema es el átomo mismo y especialmente su núcleo.