Depende de si la proteína está en el citoplasma o está incrustada en la membrana. Las proteínas solubles estarían en el sobrenadante de un centrifugado de baja velocidad (6000rpm) después de lisar las células. Las proteínas de membrana estarían en el sedimento después de que el sobrenadante mencionado anteriormente haya sido sometido a un centrifugado de alta velocidad (5500 rpm).
Dependiendo del pI, el tamaño de la proteína o las marcas (generalmente His / Myc) en las proteínas, las fracciones que contienen la proteína se pueden procesar mediante intercambio iónico, cromatografía de afinidad o filtración en gel para su purificación.
