¿Puede alguna proteína estar unida por un anticuerpo?

Cualquier proteína (casi todas, estoy seguro de que hay excepciones) puede ser encontrada por un anticuerpo si es extraña al sistema inmune de los anfitriones. Por ejemplo, el cuerpo humano no produce anticuerpos contra su propia hemoglobina, y el ratón tampoco lo hace. Sin embargo, si tomaba hemoglobina humana y la inyectaba en un ratón, obtendría una respuesta inmune dado que la hemoglobina humana es estructuralmente diferente de la del ratón y se considera extraña.

Sí. Algo debe producir el anticuerpo, pero en principio debería ser posible producir un anticuerpo para cualquier proteína. Normalmente, se producirán muchos anticuerpos diferentes para una proteína que reconoce diferentes partes de la proteína. La biotecnología para producir tales anticuerpos está bien desarrollada ahora y podría considerarse rutinaria para la mayoría de las proteínas.