¿Cómo se nombran los microRNAs?

i) Comenzaré con qué son los microRNAs, cómo se procesan y qué hacen, ya que esto será esencial para entender cómo se nombran.

• Los microARN son moléculas de ARN monocatenarias pequeñas. Tienen aproximadamente de 19 a 22 nucleótidos de longitud, son monocatenarios y pueden unirse a secuencias complementarias en moléculas de ARN mensajero. Al hacerlo, reprimen la traducción del ARNm en proteínas o, alternativamente, inducen la degradación del ARNm.

Fuente de la imagen: MicroRNA Research apunta al colesterol

• Se transcriben desde el genoma en fragmentos mucho más grandes de ARN llamados microARN primarios . Los microARN primarios pueden abarcar aproximadamente mil bases de longitud (varios miles en algunos casos). Estos microARN primarios (o pri-miRNA) forman un bucle de horquilla que se procesa rápidamente en una horquilla más corta llamada miARN precursor. El miARN precursor se procesa en un miARN maduro y funcional monocatenario. A veces, la hebra funcional es el brazo 5 ‘del bucle de la horquilla, a veces es el brazo 3’ y otras veces es ambas.

Fuente de la imagen: Página en nature.com

• Un solo microARN con la misma secuencia se puede transcribir desde múltiples ubicaciones dentro del genoma.
• Muchos microRNAs diferentes tienen secuencias muy similares entre sí. Como la secuencia del microARN determinará a qué ARNm se une y, por lo tanto, su función dentro de la célula, los microARN con secuencias similares pueden tener potencialmente funciones similares *.

ii] Nomenclatura

El nombre de MicroRNA intenta integrar algo de información en ellos. Algunos ejemplos:

hsa-miR-211
hsa-mir-194-1
cel-miR-8204-5p
hsa-mir-208b

El patrón general del nombre es:

abreviatura de tres letras para especies (p. ej .: hsa) – mir / miR – número (p. ej .: 208) – calificador (p. ej .: b)

1) Abreviatura de tres letras de especies : Esto denota la especie del microARN al que se hace referencia.
Ejemplos : hsa para Homo sapiens ; ebv para el virus de Epstein Barr, cel para Caenorhabditis elegans, etc.

2) mir se refiere a la forma primaria o precursora del microARN.
miR se refiere exclusivamente a la forma madura.

3) Número : este es el identificador único para el microARN. Generalmente, el número de microARN se asigna en orden secuencial. Por lo tanto, se descubrió un microARN con un número menor (digamos 20) antes que un microARN con un número mayor (3167).

4) Calificador : cuando el número identificador de microRNA se agrega con un:

• Número de tablero – ej. hsa-miR-194-1 o hsa-miR-194-2 – se refiere a dos microARN con secuencias maduras idénticas transcritas desde diferentes lugares dentro del genoma.
• Carta – ej. hsa-miR-20a y hsa-miR-20b – indica que los dos microRNAs están relacionados entre sí, es decir, sus secuencias maduras son muy similares.
• 5p o 3p, por ejemplo: hsa-miR-7-5p se refiere al miARN maduro formado a partir del brazo 5 ‘del bucle en horquilla; hsa-miR-7-3p se refiere al miARN maduro formado a partir del brazo 3 ‘del bucle en horquilla.

iii) Finalmente, ¿quién los nombra?

Respuesta corta: miRBase

Respuesta larga:

Digamos que haces un estudio e identificas un par de microRNAs que crees que son nuevos. Usted lo envía a un diario, el diario hace el proceso de revisión por pares y finalmente lo acepta. Luego, antes de que se publique el artículo, envíe sus nuevos miRNAs a mirbase que repasan la evidencia disponible y luego le asigna un identificador único, y lo agrega a su repositorio junto con su ubicación genómica, datos de expresión y objetivos previstos, entre otras cosas. Usas estos nuevos nombres dados por mirbase en tu artículo que se publica.

Imagen: captura de pantalla de miRBase

* Dependiendo de cuándo se expresan o con qué mRNAs se expresan conjuntamente, no siempre tienen que tener la misma función.

Sin embargo, el problema con la información de codificación en el nombre es que las personas están tentadas a usarlo. Los nombres de microRNA a menudo son compromisos pragmáticos, y se han sobrecargado con un significado relativamente complejo, por ejemplo, con respecto a las relaciones familiares y los niveles de expresión. Los nombres deben ser útiles, pero nunca deben usarse en lugar del análisis correcto, por ejemplo, de relaciones de secuencia o expresión. Por lo tanto, sugerimos que encuentres tu vida con miARN más fácil si tienes en cuenta algunos conceptos simples:
1. Ser explícito. Si se está refiriendo a la secuencia madura de miR-20b, puede confiar en el uso de mayúsculas en miR-20b para decir eso por usted. Pero es mucho mejor decir “la secuencia madura de miR-20b”. Mejor aún, muestre la secuencia junto con el nombre; los nombres no son formalmente estables, pero al citar la secuencia específica que ha usado en su artículo se asegurará de que la entidad sea rastreable para siempre.
2. Nunca use el nombre para codificar o derivar significado complejo. Si está interesado en las relaciones de secuencia, debe hacer un análisis de secuencia. Si te importan los niveles de expresión de miRNAs maduros alternativos, mira los datos de expresión. Si obtiene toda su información sobre las relaciones de secuencia de miARN del nombre, se perderá una gran oferta. Si confías en el nombre para contarte acerca de la expresión relativa, entonces toda la esperanza se pierde.