La quimotripsina es una enzima de digestión de restricción: escinde proteínas en ubicaciones específicas para permitir la secuencia de análisis de restricción.
Para secuenciar una proteína, usualmente se usarán digestiones de restricción múltiple para cortarla, de modo que se pueda determinar a partir de trozos pequeños cuál fue el total. Los péptidos pequeños (no más de 10-15 aminoácidos) son más fáciles de secuenciar usando secuenciación de terminación de cadena u otra forma de secuenciación con menos errores. Después de secuenciar todas las cadenas cortas, se unirán con el conocimiento de las enzimas de restricción utilizadas al principio para formar la secuencia completa.
Bioquímicamente, la quimotripsina es una serina proteasa. Esto se refiere a su mecanismo, sin embargo, no a su función. Más comúnmente se escinde en el lado N-terminal de aminoácidos grandes, voluminosos e hidrófobos (como triptófano (Trp, W), fenilalanina (Phe, F) y tirosina (Tyr, Y)). Todos estos tres aminoácidos incluyen el “reconocimiento” clave para la quimotripsina, un anillo aromático espaciado de uno a dos átomos de carbono desde la estructura del péptido. Teóricamente, esto significa que la quimotripsina podría escindir cualquier aminoácido, incluso no estándar, que se adapte a esta descripción y al motivo del tamaño.
