Por “intracelular”, puede estar refiriéndose al marcaje y visualización in vivo, o al marcado in vivo y la medición in vitro, o puede que se refiera a experimentos in vitro con proteínas que están en la vida intracelular, y las consideraciones pueden ser diferentes en aquellos bases Pero pase lo que pase, es útil tener un cierto conocimiento de las funciones y características de la proteína.
Entonces, por ejemplo, suponga que deseaba seguir la ubicación de una enzima o proteína de transporte a lo largo del tiempo, y sabía lo que catalizaba o transportaba para poder atraparlo uniendo irreversiblemente un ligando a un sitio de unión. Si ese ligando pudiera contener un emisor capaz de exponer granos de película o causar radiofluorescencia, entonces podría usarse para ese propósito. Entonces, diseñar el radiotrazador sería una cuestión de conocimiento del límite del sustrato y cómo se une, así como de la elección y disponibilidad del emisor. A veces, la elección del emisor puede ser más limitada, como en un experimento de doble etiqueta.
Pero, en cambio, digamos que estaba interesado en la cinética de la biosíntesis de una proteína y en los factores que regulan esa síntesis tanto hacia arriba como hacia abajo. Puede que simplemente suministre al organismo un aminoácido radiomarcado que se produce en dicha proteína, tal suministro coincidiendo con las veces que manipula los factores que desea investigar como posibles reguladores de su biosíntesis. Entonces podrías recuperar y purificar esa proteína del organismo, y ver cuánta radiactividad había en ella, lo que te diría cuánto se hizo en ese momento.
Demasiados posibles tipos de experimentos para describirlos a todos.