Las proteínas son demasiado pequeñas para obtener una resolución decente. Al menos, no a una concentración razonable para la agarosa.
Una proteína bastante típica es ~ 50 kDa. Esto es igual a un fragmento de ADN de 75-100 pares de bases. Incluso una proteína grande a ~ 250 kDa tiene el tamaño de un fragmento de ADN de 400 pares de bases. Cuando uso geles de agarosa utilizo esta escalera (2-Log DNA Ladder (0.1-10.0 kb)).
Cuando uso un gel de proteína, uso esta escalera (Precision Plus Protein ™ All Blue Prestained Protein Standards # 1610373)
La banda más grande absoluta en la escala de proteínas alcanza la banda de 0.4 kilobases de la escala de ADN. La agarosa simplemente no es una buena opción para la mayoría de las proteínas.