En general, después de encontrar lagunas, lo que puede hacer para llenarlas es utilizar una reconstrucción de referencia e intentar usarla para extraer las reacciones que satisfarán sus reacciones faltantes.
Por ejemplo, digamos que identificó que hay un metabolito “A” que es usado por la reacción “r1” pero que nunca es producido por ninguna otra reacción en la red, por lo que se accede a la reconstrucción de una plantilla y se intenta encontrar la reacción que producirá el metabolito “A” e introducirá esa reacción en tu modelo, si eres capaz de encontrar tal reacción también tendrás que ser MUY cuidadoso de que tanto los reactivos como los productos de esa nueva reacción ya estén presentes y se consuman en tu reconstrucción, si no se enfrenta a un juego interminable de llenar un espacio aquí y abrir uno nuevo allí. En la caja de herramientas de COBRA tienes FASTGAPFILL:
fastGapFill: relleno eficiente de espacios en redes metabólicas.
Y hay otras implementaciones. En nuestro laboratorio estamos a punto de publicar un enfoque desarrollado para R y que utiliza Sybill para esa persona.
A veces no puede encontrar una reacción adecuada para llenar su espacio, por lo que se ve obligado a agregar una reacción falsa, que está anotada en su reconstrucción, una reacción de la que es muy escéptico.
Espero eso ayude.