Imagine el tiempo y el costo de los recursos que se gastarán si uno intenta realizar pruebas de laboratorio con cada una de las pistas que encuentran y luego llegar a un callejón sin salida cada vez que lo hacen. Los métodos computacionales en este contexto pueden permitirle generar una “hipótesis” y filtrar a través de varias pistas para las más prometedoras. Mencionaré brevemente cuatro utilidades diferentes de métodos computacionales en este sentido y espero que haya suficientes razones para justificar el ahorro de tiempo y recursos mediante la adopción de métodos computacionales.
Un aspecto de este análisis examinará el grado en que el pliegue se conserva dentro de la especie o en especies evolutivamente relacionadas o incluso a lo largo de todo el árbol de la vida. Para esto, consultaría la secuencia de proteína / dominio contra las bases de datos de proteínas y compararía la calidad de los alineamientos de secuencia de los hits de la base de datos. Herramientas como BLAST, HMMER pueden hacer eso.
También podría estimar la estabilidad biológica (in) del pliegue eliminando o sustituyendo aminoácidos en la secuencia de pliegue y luego evaluando el impacto de eso sobre la proteína. De esta forma, identificará las variantes no sinónimas o de inserción / eliminación que podrían ser de importancia funcional. Una herramienta como PROVEAN puede hacer eso.
Otra cosa es a través del modelado molecular donde la determinación de la estructura del pliegue puede dar algunas ideas sobre su estabilidad, sitios activos potenciales que pueden servir como objetivos o le da la capacidad de realizar experimentos de acoplamiento molecular utilizando compuestos de fármaco como primer paso en QSAR / droga estudios. Hay varios servidores, bases de datos, suites que permiten la integración de todo esto.
Conocer las rutas en las que está involucrada la proteína también es posible a través de métodos computacionales y eso podría permitir generar varias ideas con respecto a las posibles intervenciones aguas arriba o aguas abajo de la red de interacción proteica dirigidas a los genes implicados en la expresión de estas proteínas.
Dependiendo de la evidencia científica disponible que respalde los hallazgos, se puede concluir si se debe “confirmar” la hipótesis realizando una experimentación de laboratorio real.
