Sin embargo, las proteínas realmente se someten a varias transiciones de pseudo-fase. Estas moléculas suelen estar repletas de regiones altamente organizadas, ya sean bolsas hidrofóbicas, redes de enlaces de hidrógeno en láminas \ beta altamente ordenadas, hélices en espiral, etc. Se puede pensar que la ruptura de las redes de enlaces de hidrógeno de una proteína es similar a la fusión del agua y su pérdida posee una estructura cristalina a base de enlaces de hidrógeno altamente ordenada.
Las proteínas biológicas usualmente comienzan en la misma forma. Esa es una cantidad asombrosa de orden inherente, análoga a la estructura predecible de un cristal sólido simple. Pero a medida que los calienta, eventualmente las diferentes partes ya no pueden soportarlo más y comienzan a desordenarse, como un derretimiento de cristales. Varias regiones son más estables que otras. Los bolsillos hidrofóbicos pueden comenzar a fluir uno sobre el otro primero (como una fusión de cera suave). Entonces podrías comenzar a perder hélices a medida que se convierten en espirales aleatorios desordenados. Y tal vez en el camino, una hoja β finalmente se rinde y se convierte simplemente en un segmento de bobina aleatoria que fluye también. Los picos de calor específicos apuntan a temperaturas en las que alguna región específica de la proteína simplemente no puede soportarlo más y finalmente comienza a ceder, convirtiéndose en un desastre aleatorio.
