La forma más fácil de entender el intercambio de dominios es pensar en una proteína como una cadena de elementos secundarios. Por ejemplo, una proteína de paquete de cuatro hélices podría pensarse de la siguiente manera: helix1-loop1-helix2-loop2-helix3-loop3-helix4. Si dos de estas proteínas están muy cerca, la hélice 4 de una proteína (proteína 1) puede desplazar a la hélice 4 de la otra proteína (proteína 2). Ahora la proteína 2 tiene su propia hélice4 disponible. La helix4 de Protein2 luego desplaza a helix4 en una tercera proteína y el proceso comienza de nuevo.
El resultado de esto es una cadena oligomérica de proteínas que tienen un dominio (en este caso, helix4) intercambiado con otra proteína.